９月２５日、安倍内閣の総辞職を受け国会は午後１時から衆議院本会議を開き、首相指名選挙を行いました。その結果、自民党の福田康夫総裁が第１回投票で過半数の３３８票を獲得して首相に選ばれました。
一方、与野党が逆転している参議院本会議では、まず、出席者２４０名による記名投票が行われ、小沢代表が１１７票、自民党福田総裁が１０６票を獲得。いずれも過半数には満たず、決選投票となりました。決選投票では、共産党、社民党、国民新党がそれぞれ小沢代表を支持。投票の結果、小沢代表が１３３票を獲得し、首相指名を受けました。
衆参の議決が異なるため、約９年ぶりとなる両院協議会が開催され、最終的に憲法６７条の規定により第９１代首相に福田自民党総裁が選出されました。

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